Rabier, Charles-Elie. Techniques statistiques pour la détection de gènes à effets quantitatifs

Résumé en francais

Devant l'afflux d'informations moléculaires, la statistique est un outil indispensable à l'analyse des données issues du génome. Dans ce contexte, l'objectif de ce travail est d'étudier et de proposer des techniques statistiques propres à la détection et à la localisation de loci responsables de la variation d'un caractère quantitatif (Quantitative Trait Loci : QTL). Une première partie est consacrée au selective genotyping (dispositif permettant de réduire les coûts dus au génotypage) et une deuxième partie au génome scan (technique permettant de détecter les QTL en scannant le génome). Dans la première partie, en utilisant des arguments de contiguïté et des calculs d'efficacité on prouve qu'il n'y a aucun gain de puissance à considérer les phénotypes non-extrêmes dans l'analyse statistique, dans le cadre d'un backcross, mais aussi dans un contexte plus général. Si on souhaite génotyper uniquement un pourcentage donné de la population, on montre qu'on doit génotyper le même pourcentage d'individus aux deux extrêmes de la population. On obtient les mêmes conclusions pour un selective genotyping en présence de deux caractères corrélés. Dans le cadre du génome scan, utilisant les lemmes de Le Cam, on présente des résultats asymptotiques sur la distribution du processus de détection sous l'hypothèse nulle d'absence de QTL, sous l'alternative où il existe un seul QTL sur le chromosome et sous l'alternative générale où plusieurs QTL sont présents sur le chromosome. On propose également quelques méthodes adaptées à la carte génétique et permettant d'obtenir le quantile du supremum du processus de détection, indispensable dans la prise de décision. Enfin, on prouve qu'il s'avère inutile d'effectuer des tests sur l'ensemble du chromosome, mais que l'on doit au contraire considérer uniquement quelques positions bien précises.