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Ait-Bara, Soraya. Caractérisation de la RNase E et du dégradosome d'ARN de la bactérie marine adaptée au froid Pseudoalteromonas haloplanktis

Ait-Bara, Soraya (2010). Caractérisation de la RNase E et du dégradosome d'ARN de la bactérie marine adaptée au froid Pseudoalteromonas haloplanktis.

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Résumé en francais

La dégradation des ARNm est l'un des processus biologiques essentiels qui implique chez les bactéries, l'intervention d'un complexe multiprotéique appelé « dégradosome d'ARN ». Chez E.coli, la formation de ce complexe nécessite l'endoribonucléase essentielle « RNase E », qui porte dans sa région non conservée, des îlots de 15 à 40 acides aminés appelés « microdomaines ». Ces microdomaines sont responsables des interactions entre la RNase E et trois protéines : l'hélicase à ARN RhlB, l'enzyme de la glycolyse énolase et l'exoribonucléase PNPase. Chez d'autres bactéries, plusieurs dégradosomes d’ARN assemblés sur la RNase E ont été identifiés et ils présentent une composition protéique différente du dégradosome d'E.coli. Il y a ainsi une plasticité des interactions RNase E-protéines qui serait due à la divergence de la séquence des microdomaines et leur évolution. Cependant, au début de ce travail de thèse, seuls les microdomaines de la RNase E d'E.coli ont été caractérisés. Les travaux de thèse présentés dans ce manuscrit se sont focalisés sur la bactérie marine adaptée au froid et relativement distante d'E.coli, Pseudoalteromonas haloplanktis, pour caractériser le dégradosome d'ARN et les microdomaines responsables des interactions RNase E-protéines. Le dégradosome d'ARN adapté au froid de P.haloplanktis est composé de la RNase E, de l'exoribonucléase PNPase et de l'hélicase à ARN RhlB. Chez E.coli, la RNase E de P.haloplanktis est capable de restaurer la viabilité d'E.coli dépourvue de RNase E sans conférer un avantage de croissance à E.coli à basse température. De plus, la RNase E de P.haloplanktis est capable d'interagir avec la protéine RhlB d'E.coli. Les microdomaines d'interaction entre la RNase E et les protéines RhlB et PNPase ont été caractérisés ce qui a permis de mieux comprendre la conservation de ces deux types d'interaction retrouvés au sein du dégradosome d'ARN d'E.coli, malgré la distance évolutive séparant P.haloplanktis et E.coli. L'interaction RNase E-PNPase de P.haloplanktis implique un microdomaine de séquence non conservée en comparaison avec celui de l'interaction RNase E-PNPase d'E.coli. Ceci suggère une conservation structurale de l'interaction RNase E-PNPase. Quant à l'interaction RNase E-RhlB, le microdomaine d'interaction présente des acides aminés conservés et similaires au microdomaine d'interaction RNase E-RhlB d'E.coli. L'analyse de ces microdomaines est élargie de manière in silico à d'autres RNase E des gamma-protéobactéries pour avoir une vue d'ensemble de leur distribution. Enfin, une étude phylogénétique de la protéine RhlB a été initiée dans le but de voir une corrélation potentielle entre la présence du microdomaine de fixation de RhlB et la présence de RhlB chez les gamma-protéobactéries.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Carpousis, Agamemnon
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (LMGM), UMR 5100
Mots-clés libres :RNase E - Dégradosome d’ARN - Pseudoalteromonas haloplanktis - Complexe multiprotéique
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :05 Dec 2011 09:45