LogoLogo

Audemard, Eric. Détection des duplications en tandem au niveau nucléique à l'aide de la théorie des flots

Audemard, Eric (2011). Détection des duplications en tandem au niveau nucléique à l'aide de la théorie des flots.

[img]
Preview
PDF - nécessite un logiciel de visualisation PDF comme GSview, Xpdf or Adobe Acrobat Reader
1341Kb

Résumé en francais

Après un rappel des notions fondamentales de biologie moléculaire et plus particulièrement des duplications en tandem, la thèse présente un panorama des outils existants permettant de détecter des régions homologues à grande échelle, en se focalisant sur les méthodes de chaînage d'ancres. Le document introduit alors un formalisme général de modélisation basé sur les graphes. Une nouvelle méthode de chaînage, capable de produire un ensemble de chaînes de score optimal et satisfaisant des contraintes de cohérences assurant une interprétation aisée des résultats est formulée, en exploitant la théorie des flots de coût minimum. Cette méthode est évaluée sur des problèmes de détection de duplications segmentales chez les plantes puis intégrée dans un pipeline de détection de grande régions dupliquées en tandem directement à partir de la séquence génomique. Cet outil est évalué sur le génome de la plante modèle Arabidopsis thaliana et confronté à l'annotation du génome, montrant ses capacités à détecter des régions dupliquées impliquant des éléments non-codants.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Faraut, Thomas
Schiex, Thomas
Ecole doctorale:Mathématiques, informatique, télécommunications de Toulouse (MITT)
laboratoire/Unité de recherche :Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (BIA), INRA UR875
Mots-clés libres :Bioinformatique - Théorie des flots - Duplication - En tandem
Sujets :Informatique
Déposé le :21 May 2012 14:11