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Bouyssié, David. Développement de nouveaux outils bioinformatiques pour l'exploitation des données de spectrométrie de masse en protéomique haut-débit

Bouyssié, David (2012) Développement de nouveaux outils bioinformatiques pour l'exploitation des données de spectrométrie de masse en protéomique haut-débit.

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Résumé en francais

En biologie, la spectrométrie de masse est devenue l'outil incontournable pour l'identification des protéines. Associée à des techniques de séparation, elle est aussi utilisée pour mesurer la variation d'abondance des protéines entre plusieurs échantillons. Cependant, la très grande quantité et complexité des données liées à ce type d'analyse requièrent des programmes informatiques sophistiqués et adaptés. Mon travail de doctorat a consisté à répondre aux différentes problématiques liées à l'exploitation des données nanoLC-MS/MS, à savoir la validation des résultats d'identification ainsi que la quantification relative des protéines pour des approches mettant en œuvre ou non un marquage isotopique. Le logiciel MFPaQ, dont deux versions sont présentées dans ce document, en est le principal résultat. La version 3 intègre des fonctionnalités telle que la validation des données Mascot, la génération de listes non-redondantes de protéines et la quantification d'analyses ICAT. La version 4, évolution majeure du logiciel, incorpore des algorithmes adaptés à l'analyse quantitative de données MS sans marquage, ainsi que la gestion des stratégies de marquage SILAC et 14N/15N. Son utilisation a facilité la réalisation d'études protéomiques, dont certaines, auxquelles j'ai plus particulièrement participé, sont présentées. Afin de répondre aux futurs enjeux informatiques de la protéomique, j'ai entrepris dans un second temps le développement du logiciel Prosper, qui dispose d'une architecture d'organisation des données permettant de réaliser des requêtes croisées sur l'ensemble des échantillons analysés. Il constitue aussi un outil prototype pour l'élaboration de nouveaux algorithmes.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Monssarat, Bernard
Gaspin, Christine
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS), UMR 5089
Mots-clés libres :Protéomique - Spectrométrie de masse - NanoLC-MS/MS - Mascot - Quantification de mélanges complexes de protéines - ICAT - SILAC - 14N/15N - Label-free - Carte LC-MS - Logiciel
Sujets :Informatique
Déposé le :29 Oct 2012 09:54