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Gautier, Violette. Développement de méthodes quantitatives sans marquage pour l'étude protéomique des cellules endothéliales

Gautier, Violette (2012). Développement de méthodes quantitatives sans marquage pour l'étude protéomique des cellules endothéliales.

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Résumé en francais

La compréhension du fonctionnement des systèmes biologiques, dont les protéines sont les principaux effecteurs, est un défi majeur en biologie. La protéomique est aujourd'hui l'outil incontournable pour l'étude des protéines. Au cours de ma thèse, j'ai donc utilisé différentes approches protéomiques pour répondre à plusieurs questions biologiques autour des cellules endothéliales, concernant l'étude de mécanismes fonctionnels de protéines d'intérêt ainsi que des processus inflammatoires au sein de ces cellules. Ces différentes études ont nécessité la mise en place et l'optimisation de méthodes de quantification sans marquage (" label free ") essentielles à la fois pour la caractérisation de complexes protéiques et pour l'analyse de protéomes entiers. Cette thèse décrit ainsi dans un premier temps l'utilisation de telles approches pour l'analyse de complexes immunopurifiés dans laquelle un enjeu important consiste souvent à discriminer de façon non ambiguë les composants bona fide du complexe par rapport aux contaminants non-spécifiques. J'ai ainsi notamment pu identifier certains partenaires spécifiques d'une nouvelle famille de facteurs de transcription humains, les protéines THAP, qui jouent un rôle clé dans la prolifération des cellules endothéliales. Dans un second temps, les processus activés par les cellules endothéliales en condition inflammatoire ont été étudiés au niveau de sous-protéomes ou à l'échelle de protéomes entiers, faisant appel à des méthodes de protéomique globale associées à des stratégies de quantification sans marquage. Le glycoprotéome des cellules endothéliales a ainsi d'une part été étudié lors la réponse inflammatoire, grâce à la mise en place d'une méthode d'enrichissement du protéome de surface des cellules. D'autre part, une analyse du protéome entier de ces cellules et de ses modulations lors de la stimulation par des cytokines pro-inflammatoires a également été réalisée. De façon à obtenir une couverture du protéome la plus profonde possible, cette étude a nécessité la mise en place d'une stratégie quantitative impliquant un fractionnement de l'échantillon sur gel 1D. Enfin, une troisième partie s'intéresse plus spécifiquement aux rôles et aux mécanismes d'action de l'interleukine-33 au sein des cellules endothéliales et a requis l'utilisation des méthodes quantitatives précédemment optimisées.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Monsarrat, Bernard
Gonzalez de Peredo, Anne
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS), UMR 5089
Mots-clés libres :Protéomique - Spectrométrie de masse - NanoLC-MS/MS - Cellules endothéliales - Complexes protéiques - Protéomes entiers - Glycoprotéomes - Protéines THAP - TFIIH - Interleukine-33
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :15 Apr 2013 09:40