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Calderon, Virginie. Méthodes bioinformatiques d'analyses de données génomiques, transcriptomiques et cliniques pour l'étude des mécanismes de résistances aux drogues et leurs relations avec la formation de biofilms

Calderon, Virginie (2013). Méthodes bioinformatiques d'analyses de données génomiques, transcriptomiques et cliniques pour l'étude des mécanismes de résistances aux drogues et leurs relations avec la formation de biofilms.

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Résumé en francais

Les gènes de la voie Chaperon-Usher, permettant l'assemblage à la surface des bactéries de fimbriae impliqués dans l'adhésion et la formation de biofilm, sont majoritairement trouvés dans les génomes des bactéries à Gram négatif. Le développement d'une nouvelle stratégie d'annotation et de classification, l'analyse évolutive et la reconstruction des états ancêtres ont permis de déterminer les dynamiques évolutives de ces systèmes impliquant des gains et pertes multiples et des évènements de recombinaison homologue au sein des génomes complets, d'un genre et d'une espèce. Pour mieux comprendre le lien entre formation de biofilm et résistance aux antibiotiques chez P. aeruginosa, l'analyse de données transcriptomiques de souches cliniques et de laboratoire a permis d'établir i) des signatures d'expression particulières de souches cliniques en fonction du stade d'infection chez le patient et ii) de déterminer le régulon du régulateur de réponse PprB du système à deux composants PprA/PprB

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Fichant, Gwennaele
Bentzmann, Sophie
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (LMGM), UMR 5100
Mots-clés libres :Chaperon-Usher - Evolution - Transcriptomique - Dynamique - Adhésion - Résistance
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :28 Apr 2014 11:26