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Dasanna, Anil Kumar. Fermeture de bulles de dénaturation de l'ADN couplées à l'élasticité de l'ADN

Dasanna, Anil Kumar (2013). Fermeture de bulles de dénaturation de l'ADN couplées à l'élasticité de l'ADN.

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Résumé en francais

La compréhension physique des processus biologiques tels que la transcription nécessite de bien connaître la physique de l'ADN double brin. Une de ses propriétés thermodynamiques remarquable est sa dénaturation à une température particulière, lors de laquelle il se déroule et se sépare en deux brins après avoir formé des bulles (segments de paires de bases ouvertes consécutives). La dynamique de dénaturation jusqu'ici été étudiée l'échelle de la paire de base, ignorant ainsi les degrés de la chaîne. Ces études n'expliquent pas les temps de fermeture trés longs, de 20 $100\mu$s, mesurés par Alain-Bonnet et al.température ambiante pour des bulles de 18 paires de base. Dans cette thèse nous nous interessons la fermeture de grandes bulles de dénaturation thermalisées, l'aide de simulations de dynamique Brownienne d'un modèle simple "gros grains"de l'ADN. Nous montrons que la fermeture se fait en deux temps : d'abord, la bulle initiale se ferme rapidement jusqu'à ce qu'elle atteigne un état métastable, causé par les grandes énergies de courbure et de torsion emmagasinées dans la bulle. Ensuite, la fermeture de la bulle metastable se fait en fonction de la longueur de l'ADN et des parametres elastiques, soit apres la diffusion rotationnelle des "bras" rigides jusqu'à l'alignement de ceux-ci, soit lorsque la bulle a diffusée jusqu'un bout de la chaîne, ou soit localement lors d'une activation thermique. Nous montrons ainsi que le mécanisme physique associé des longs temps de fermeture est le couplage entre les degrés de liberté d'appariement et de conformations de l'ADN.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Manghi, Manoel
Destainville, Nicolas
Ecole doctorale:Sciences de la matière (SdM)
laboratoire/Unité de recherche :Laboratoire de Physique Théorique - Toulouse (LPT), UMR 5152
Mots-clés libres :ADN - Dénaturation - Simulations de dynamique brownienne - Physique statistique
Sujets :Physique
Déposé le :21 Jul 2014 09:44