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Courtial, Audrey. Vers l'identification de gènes contrôlant la dégradabilité de la paroi secondaire lignifiée chez le maïs à travers l'élucidation de QTLs à effets forts

Courtial, Audrey (2012). Vers l'identification de gènes contrôlant la dégradabilité de la paroi secondaire lignifiée chez le maïs à travers l'élucidation de QTLs à effets forts.

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Résumé en francais

La dégradabilité des parois des plantes fourragères est un facteur limitant à la fois pour l'alimentation des ruminants et pour la production de biocarburants de seconde génération. Les recherches conduites ont donc visé à identifier les gènes contrôlant des propriétés des parois lignocellulosiques chez le maïs en prenant comme modèle un cluster de QTLs à effets forts localisé dans le bin 6.06 des lignées recombinantes (RILs) F288 x F271. Après avoir mis en évidence que les positions de ces QTLs se situaient dans une région monomorphe entre les deux lignées parentales, une densification ciblée de la carte génétique a permis de révéler que ces QTLs "fantômes" correspondaient en fait à des QTLs localisés sur deux positions proches (bins 6.05 et 6.07). De nouveaux QTLs majeurs au bin 4.09 ont également été détectés. La détection de QTLs avec de nouvelles mesures phénotypiques a également permis de conforter l'implication des acides p-hydroxycinnamiques et de la composition monomériques des lignines dans la dégradabilité des parois. Afin d'identifier les gènes candidats présents sous ces QTLs, des études d'expression et du séquençage ont été entreprises, en plus de la recherche a priori de gènes potentiellement impliqués dans la formation des parois lignifiées, à partir de la bibliographie. L'étude d'expression entre le parent F271 et quatre RILs porteuses des allèles favorables à la dégradabilité des parois (F288) aux QTLs majeurs du bin 6.06 a permis de mettre en évidence 360 gènes différentiellement exprimés. Le séquençage ciblé de BACs porteurs de la région d'intérêt chez F271 et F288, quant à lui, a souligné le très grand polymorphisme entre ces deux lignées.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Barrière, Yves
Grima-Pettenati, Jacqueline
Ecole doctorale:Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (SEVAB)
laboratoire/Unité de recherche :Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV), UMR 5546
Mots-clés libres :Zea mays - Dégradabilité - Paroi - Lignines - Acides p-hydroxycinnamiques - QTL - Gènes candidats - Transcriptome - BAC - Séquençage
Sujets :Biotechnologies, agronomie
Déposé le :05 Jan 2015 11:11