LogoLogo

Frésard, Laure. Recherche de phénomènes singuliers impliqués dans la régulation fine de l'expression du génome chez la poule via l'utilisation de données issues du séquençage haut débit

Frésard, Laure (2014). Recherche de phénomènes singuliers impliqués dans la régulation fine de l'expression du génome chez la poule via l'utilisation de données issues du séquençage haut débit.

[img]
Preview
PDF - nécessite un logiciel de visualisation PDF comme GSview, Xpdf or Adobe Acrobat Reader
12Mb

Résumé en francais

L'utilisation des croisements pour la sélection d'animaux d'élevage a permis depuis le début de la domestication d'utiliser au mieux la variabilité génétique pour obtenir des phénotypes toujours plus adaptés à nos attentes : on veut produire plus, c'est-à-dire sélectionner des animaux qui naissent facilement (taux de fertilité, facilité de reproduction), grandissent vite, et produisent en quantité (masse musculaire, production laitière, nombre d'œufs...). Mais on veut aussi produire mieux et ainsi sélectionner des animaux non agressifs et non stressés, qui supportent les changements de conditions environnementales, et dont l'élevage est le moins dommageable possible pour l'environnement. Le plus fréquemment, de nombreux gènes sont impliqués dans la variabilité d'un phénotype. Un des enjeux est d'identifier les facteurs causaux de la variabilité génétique, si possible en allant jusqu'à la compréhension des mécanismes sous-jacents, car l'application des connaissances fondamentales est un levier pour optimiser la production. L'avancée des connaissances permet de définir certains dogmes, qui constituent le socle de nos "croyances scientifiques". On sait par exemple que chez un organisme diploïde, dans des conditions classiques d'expression, les transcrits paternels et maternels reproduisent fidèlement les parties codantes des ADN parentaux dont ils sont issus, en particulier les variants génétiques. Or deux exceptions vont à l'encontre de cette règle de transmission de la variabilité génétique : l'empreinte génomique parentale et l'édition de l'ARN. L'empreinte parentale est un mécanisme épigénétique ayant pour conséquence l'expression de certains gènes selon l'origine parentale de l'allèle, dont l'existence chez les Oiseaux fait l'objet d'un débat dans la littérature. L'édition de l'ARN correspond à des modifications post-transcriptionnelles sur le brin d'ARN sans modification de la séquence d'ADN dont il est transcrit. Cette thèse participe à la caractérisation de ces phénomènes qui interviennent de manière singulière dans le fonctionnement du génome chez la Poule, à l'aide de données issues de séquençage haut débit. Deux lignées de poulet les plus consanguines et les plus distantes génétiquement possible ont été choisies pour pouvoir détecter un grand nombre de polymorphismes chez les animaux issus de leur croisement et remonter à l'origine parentale des allèles observés. Deux croisements réciproques ont été effectués entre ces lignées et le transcriptome ainsi que le génome des embryons générés ont été séquencés. L'analyse de ces séquences, qui constitue l'essentiel de ce travail de thèse, a permis de répondre par la négative à la question de l'existence d'empreinte parentale chez les Oiseaux, au moins chez l'embryon entier de Poule de 4,5 jours. Ces résultats constituent la première approche tout génome pour la recherche d'empreinte chez la Poule. Cette thèse a également permis de caractériser le phénomène d'édition de l'ARN à l'échelle du génome dans cette espèce. Les résultats montrent que cet évènement est peu fréquent en comparaison avec les Primates, même si il est intéressant de noter que certains sites sont conservés. De plus, ces données démontrent que la grande majorité des modifications dues à l'édition sont des substitutions canoniques, à savoir principalement A-vers-G. Les analyses nous permettent également de confirmer le caractère tissu et stade spécifique de ce phénomène.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Pitel, Frédérique
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE), UMR1388
Mots-clés libres :Empreinte parentale - Edition de l'ARN - Séquençage nouvelle génération - Transcriptome - Bioinformatique - Poule
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :05 Jan 2015 11:27