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Roux-Barthès, Amélie. Biofilms phototrophes de rivières non permanentes : dynamiques de communautés microbiennes et des populations de diatomées et pertinence de leur utilisation en bioindication

Roux-Barthès, Amélie (2014). Biofilms phototrophes de rivières non permanentes : dynamiques de communautés microbiennes et des populations de diatomées et pertinence de leur utilisation en bioindication.

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Résumé en francais

Les cours d'eau non permanents représentent une part importante des linéaires de cours d'eau dans le monde qui a longtemps été négligée. Dans un contexte de changement climatique, l'étude des communautés de ces milieux se place maintenant au centre des préoccupations. Alors que la Directive Cadre sur l'Eau impose aux Etats membres un suivi de leurs masses d'eau, les cours d'eau non permanents posent problème du fait de l'impossibilité à appliquer les protocoles normés quand le lit du cours d'eau est asséché, notamment ceux reposant sur les diatomées benthiques. De plus, pour mener des politiques de gestion efficaces, il est essentiel d'élargir les connaissances sur les dynamiques des biofilms phototrophes, incluant les diatomées, soumis à un assèchement d'intensité variable, ainsi que les processus de recolonisation qui en découlent lorsque la contrainte est levée. Le stress d'émersion provoquant un assèchement est une contrainte à laquelle les communautés doivent s'adapter, à travers différentes stratégies telles que des ajustements physiologiques. Il est généralement lié à d'autres contraintes telles que la pression de broutage ou l'augmentation des radiations UV, qui peuvent engendrer une pression supplémentaire pour la survie du biofilm, et donc impacter les processus de recroissance. Pour mieux comprendre les dynamiques des communautés benthiques phototrophes, nous avons conduit diverses expériences en conditions contrôlées et in situ. Nous avons montré que la contrainte d'assèchement, quelle que soit sa durée, avait un impact fort et durable sur les communautés malgré la suppression de la contrainte. Une bonne capacité de résilience fonctionnelle a été montrée, malgré l'absence de résilience structurelle des communautés, ce qui démontre la grande plasticité des biofilms. Dans une logique d'évaluation de la qualité des cours d'eau, les diatomées ont largement fait leurs preuves dans le monde en tant que bioindicateurs efficaces. Cependant, de nombreux travaux récents ont mis en avant des incertitudes dans l'application des protocoles, de l'échantillonnage à la détermination. Les cours d'eau asséchés posant de réels problèmes pour les gestionnaires, nous avons testés les notes indicielles sur les biofilms asséchés associées à différentes méthodes de comptage pour l'analyse des échantillons. Nos résultats montrent que l'application du protocole IBD ne nécessite pas de modifications importantes pour le prélèvement et l'analyse, ce qui ouvre de bonnes perspectives pour une application à plus grande échelle.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Rols, Jean-Luc
Ten-Hage, Loïc
Ecole doctorale:Sciences de l'Univers, de l'environnement et de l'espace (SDU2E)
laboratoire/Unité de recherche :Laboratoire d'Ecologie Fonctionnelle (EcoLab), UMR 5245
Mots-clés libres :Biofilms phototrophes - Diatomées - Cours d'eau non permanents - Assèchement - Bioindication - Résilience
Sujets :Sciences de l'environnement
Déposé le :26 Jan 2015 12:32