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Obeid, Naji. MIM-Logic: a logic for reasoning about molecular interaction maps

Obeid, Naji (2014). MIM-Logic: a logic for reasoning about molecular interaction maps.

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Résumé en francais

Les séries de réactions biochimiques apparaissant au cœur d'une cellule forme ce qu'on appelle des voies métaboliques. La plupart de ces voies sont très complexes impliquant un grand nombre de protéines et d'enzymes. Une représentation logique de ces réseaux contribue au raisonnement à propos de ces voies en général, allant du fait de répondre à certaines questions, compléter des arcs et nœuds manquant, et trouver des incohérences. Dans ce contexte on propose un nouveau model logique basé sur un fragment de logique de premier ordre capable de décrire les réactions apparaissant dans des Molecular Interaction Maps. On propose aussi une méthode de déduction automatique efficace capable de répondre aux questions par déduction pour prédire les résultats des réactions et par abduction pour trouver les états des protéines et de leurs réactions. Cette méthode automatique est basée sur une procédure de traduction qui élimine les quantificateurs des formules de logique premier ordre.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Farinas del Cerro, Luis
Ecole doctorale:Mathématiques, informatique, télécommunications de Toulouse (MITT)
laboratoire/Unité de recherche :Institut de Recherche en Informatique de Toulouse (IRIT), UMR 5505
Mots-clés libres :Molecular Interaction Maps - Metabolic Networks - Bioinformatics - Logic - First Order Logic - Abduction - Deduction - Casual Networks
Sujets :Mathématiques
Déposé le :13 May 2015 11:42