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Renault, Marie. Etudes structurales et dynamiques de la protéine membranaire kpOMPA par RMN en phase liquide et solide

Renault, Marie (2008). Etudes structurales et dynamiques de la protéine membranaire kpOMPA par RMN en phase liquide et solide.

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Résumé en francais

Les protéines membranaires représentent près de 30% des phases ouvertes de lecture des génomes et sont les médiateurs de nombreux événements membranaires vitaux pour la cellule et les organismes. Les bases moléculaires de leurs activités demeurent largement méconnues. Moins de 1% des structures déposées dans la Protein Data Bank correspondent à ce type de protéines. Nos connaissances sur leur dynamique sont rudimentaires, alors que la nature des membranes biologiques laisse penser qu'elle est complexe et essentielle à leurs activités. Au cours des dix dernières années, des progrès techniques et méthodologiques significatifs ont été réalisés en RMN et ont ouvert de nouveaux champs d'applications, notamment celui de l'étude structurale et dynamique des protéines membranaires. L'utilisation conjointe de méthodes de marquage isotopique élaborées (perdeuteriation, protonation sélective des méthyles, marquage fractionnel, marquage inverse), de spectromètres à haut champ équipés de cryosondes et d'expériences multidimensionnelles de type TROSY nous ont permis de déterminer la structure tridimensionnelle du domaine transmembranaire de la protéine OmpA de Klebsiella pneumoniae (KpOmpA) de 210 résidus et de caractériser sa dynamique à différentes échelles de temps en micelles de détergent par RMN en solution. Pour une meilleure compréhension de leurs activités, il est essentiel de pouvoir recueillir des données structurales et dynamiques de ces protéines au sein de leur environnement membranaire natif. Dans ce contexte, des études structurales de KpOmpA en membrane modèle ont été initiées par des approches de RMN du solide statique et en rotation à l'angle magique (MAS et HRMAS).

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Milon, Alain
Piotto, Martial
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS), UMR 5089
Mots-clés libres :RMN - protéine membranaire - KpOmpA - marquage isotopique - TROSY - attribution séquentielle - attribution des chaines latérales - structure tridimensionnelle - dynamique - échange conformationel - bicouches orientées - MAS - HRMAS.
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :06 Oct 2008 17:31