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Malbreil, Mathilde. La biologie du champignon mycorhizien à arbuscules Rhizophagus irregularis DAOM 197198 à la lumière de la génomique et de la transcriptomique

Malbreil, Mathilde (2014). La biologie du champignon mycorhizien à arbuscules Rhizophagus irregularis DAOM 197198 à la lumière de la génomique et de la transcriptomique.

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Résumé en francais

La biologie du champignon mycorhizien à arbuscules Rhizophagus irregularis DAOM197198 à la lumière de la génomique et de la transcriptomique. Les Glomeromycètes sont des champignons symbiotiques mutualistes associés aux racines des plantes. La majorité des espèces végétales sont capables de s'associer à ces champignons. Cette association favorise le recrutement de sels minéraux du sol par les plantes, en échange le champignon retire du carbone de son hôte. La mise en place de cette symbiose consiste en une succession d'étapes de développement fongique sous contrôle de molécules signalétiques. Mes travaux de recherche ont porté sur la description des programmes génétiques qui sous-tendent le développement du champignon Rhizophagus irregularis isolat DAOM197198 lors de l'établissement de la symbiose. Le champignon a été cultivé dans plusieurs conditions marquant les points clef de son développement, et les ARN ont été séquencés. Les données RNAseq obtenues ont été utilisées pour définir les modèles de gène de l'assemblage du génome. R. irregularis possède un génome haploïde et homocaryotique (Tisserant*, Malbreil* et al., 2013). Les strigolactones (molécules signales de la plante) régulent de l'ordre de 300 gènes durant la phase pré-symbiotique, et ce, de manière séquentielle. A travers l'étude du transcriptome de R. irregularis en association avec trois espèces végétales phylogénétiquement éloignées, j'ai montré qu'il existe un set de 262 gènes fortement induits quel que soit l'hôte. Ces résultats ont permis d'affiner la recherche de candidats pertinents impliqués dans la symbiose et le développement dans les tissus végétaux. Enfin le couplage d'approches transcriptomiques et métabolomiques ont permis l'identification des propionyl- et butyryl-carnitine, qui sont potentiellement impliquées dans la symbiose.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Roux, Christophe
Ecole doctorale:Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (SEVAB)
laboratoire/Unité de recherche :Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV), UMR 5546
Mots-clés libres :Rhizophagus irregularis - Transcriptomique - Symbiose endomycorhizienne - Strigolactone
Sujets :Sciences de la terre
Déposé le :15 Jul 2015 14:36