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Diaz, Roxanne. Molecular characterization of a bacterial DNA segregation apparatus

Diaz, Roxanne (2017). Molecular characterization of a bacterial DNA segregation apparatus.

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Résumé en francais

La ségrégation active des molécules d'ADN chez les bactéries compte sur l'assemblage d'une structure nucléoprotéique nucléée sur des sites centromerique localisés près de l'origine de réplication. Pour les systèmes de partition de type I, les seuls présent sur les chromosomes et le plus fréquents sur les plasmides a bas nombre de copie, la protéine qui se lie au centromère, ParB, montre la capacité de propagation sur l'ADN à partir de la nucléation au niveau du site centromerique pars. Ainsi, le complèxe de partition contient plus que 90% des ParB présent dans la cellule et interagit avec ParA, une ATPase dont l'activité dépend de ParB et de l'ADN. Deux modèles concurrents qui sont actuellement proposés pour expliquer le mécanisme d'assemblage du complèxe de partition : les modèles de 'spreading and bridging' (Graham et al., 2014), et le 'nucleation and caging' (Sanchez et al., 2015) . Nous avons utilisé le système de partition du plasmide F et pour déterminer si la mode d'assemblage était aussi conservée sur les chromosomes, nous avons étudié le système natif de Vibrio cholerae du chromosome 1. D'abord, nous avons exploré les mécanismes d'incompatibilité basé sur les sites centromériques pour comprendre l'assemblage des complèxes de partition dans les conditions de titrage ParB par le site parS. Ensuite, nous avons décrit un protocole optimisé de ChIP-sequencing à haut-débit, de la paillasse jusqu'à l'analyse des données. Puis, en utilisant le ChIP-sequencing, la microscopie à épifluorescence et la modélisation physico-mathématique, nous avons révélé que l'assemblage du complèxe de partition est robuste et cohérent avec le modèle de 'nucleation and caging' à la fois sur les chromosomes et les systèmes plasmidiques.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Bouet, Jean-Yves
Le Berre, Véronique
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (LMGM), UMR 5100
Mots-clés libres :Ségrégation de l'ADN - Complexe de partition - ChIP-seq - ParABS
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :30 Aug 2018 10:48