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Saint-Pé, Keoni. Quantification in situ des mouvements de truite fario

Saint-Pé, Keoni (2019). Quantification in situ des mouvements de truite fario.

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Résumé en francais

Les mouvements sont un aspect crucial de l'écologie et de l'évolution, car ils déterminent la dynamique des populations et des communautés. Les menaces anthropiques pesant sur ces dynamiques sont donc une préoccupation majeure pour la conservation. Dans cette thèse, j'ai étudié les mouvements de la truite commune (Salmo trutta) dans le contexte des rempoissonnements, c'est-à-dire la supplémentation des populations sauvages à partir de souches d'élevage locales et exogènes. À cette fin, j'ai d'abord développé un nouvel outil génétique utile pour détecter la structure génétique chez la truite commune et l'hybridation avec des souches élevées en captivité. Cet outil a permis un grand succès de génotypage et a permis d'identifier les patrons d'isolement par la distance. Son intérêt réside dans sa facilité de mise en œuvre, et son universalité potentielle pour la génétique des populations de cette espèce dans son aire de répartition. J'ai ensuite développé de nouvelles méthodes d'assignation combinant des données génétiques et isotopiques, afin d'étudier les mouvements à l'échelle spatiale d'un bassin hydrographique, ce qui présente un intérêt pour des questions appliquées telles que la gestion. Cette approche, basée sur le machine learning, a révélé une grande précision et un fort pouvoir discriminant pour assigner des individus à leur population d'origine. J'ai aussi décrit les effets des rempoissonnements sur les patrons de diversité et de différenciation génétiques et constaté que les rempoissonnements ont pour effet d'augmenter la diversité et la différenciation, et que les patrons naturels attendus pouvaient être inversés dans le cas de cette pratique. Ensuite, l'hybridation entre souches sauvages et d'élevage affecte les patrons de dispersion, révélant que les deux souches diffèrent en termes de propension, de distances et de direction dans leurs dispersion, alors que les hybrides présentent des patrons de dispersion moins prononcés. Enfin, j'ai cherché à mieux comprendre l'influence des facteurs individuels, environnementaux et paysagers sur les mouvements des populations naturelles; ici, j'ai trouvé que certains déterminants étaient universels d'un bassin versant à l'autre, par exemple le fait que les gros individus étant plus enclins à se déplacer, ou encore que les sites directement reliés par le flux d'eau, et ceux ayant des similitudes en termes d'altitude et de type de cours d'eau échangeaient plus de migrant que les autres. D'autre part, d'autres facteurs dépendaient du contexte, par exemple, les relations entre patrons de mouvements et position dans les paysages fluviaux et la disponibilité de l'habitat varient entre les rivières. Cette thèse a contribué à améliorer les méthodes d'étude des mouvements et à identifier les facteurs sous-jacents aux patrons de mouvements à l'échelle du bassin hydrographique. Les implications de ma thèse sont donc à la fois fondamentales et appliquées, car une meilleure compréhension des patrons de mouvement dans le contexte de perturbations humaines est cruciale pour la gestion et la conservation.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Blanchet, Simon
Ecole doctorale:Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (SEVAB)
laboratoire/Unité de recherche :Station d’Ecologie Théorique et Expérimentale (SETE), UMR 5321
Mots-clés libres :Truite fario - Génétique - SNPs - Mouvements -Introgression - Isotopes
Sujets :Sciences de l'environnement
Déposé le :13 Mar 2020 16:20