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Bessière, Pierre. Émergence des virus influenza aviaires hautement pathogènes : la triade hôte, virus et microbiote

Bessière, Pierre (2021). Émergence des virus influenza aviaires hautement pathogènes : la triade hôte, virus et microbiote.

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Résumé en francais

Les virus influenza aviaires faiblement pathogènes (VIAFP) appartenant aux sous-types H5 et H7 sont capables d'évoluer en virus influenza aviaires hautement pathogènes (VIAHP), suite à l'obtention d'un site de clivage polybasique (SCPB) au niveau de leur hémagglutinine (HA). HA peut alors être clivée par des protéases intracellulaires ubiquitaires et le virus est ainsi capable de se répliquer systémiquement. L'acquisition d'un SCPB est un évènement virus-dépendant, ayant lieu au sein d'un animal infecté par un VIAFP parental. Pour que l'émergence soit réussie, le VIAHP nouvellement formé doit probablement devenir un variant majoritaire, afin d'être transmis à d'autres individus. Nous avons étudié les paramètres menant à l'émergence de VIAHP et cette thèse a été divisée en deux parties : premièrement, nous avons évalué les capacités régulatrices du microbiote sur l'infection par un VIAHP. En administrant à des canards un mélange d'antibiotiques à large spectre, nous avons fortement déstabilisé leur microbiote. Animaux sains et traités aux antibiotiques ont ensuite été infectés avec un VIAHP. Nous avons montré que l'excrétion virale était significativement augmentée chez les animaux traités aux antibiotiques, ceci étant corrélé à une altération de la réponse immunitaire antivirale innée. Deuxièmement, afin de modéliser la compétition intra-hôte entre un VIAHP nouvellement apparu et son précurseur VIAFP, nous avons réalisé des coinfections in vivo et in ovo chez le poulet et le canard, en utilisant un VIAHP comme variant minoritaire et un VIAFP, identique en tout point au VIAHP, à l'exception du site de clivage, comme variant majoritaire. Nous avons montré que les interactions entre ces deux virus étaient radicalement différentes chez le poulet et chez le canard, et que le VIAHP avait un avantage sélectif moindre chez ce dernier. Ces travaux apportent de nouvelles connaissances sur les conditions menant à l'émergence de VIAHP, dont les épizooties ont un impact majeur sur la santé animale, l'économie et la santé publique.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Volmer, Romain
Ecole doctorale:Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (SEVAB)
laboratoire/Unité de recherche :Interaction Hôtes-Agent Pathogène (IHAP), UMR 1225 INRA-ENVT
Mots-clés libres :Influenza - Microbiote - Espèce hôte - Émergence - Virologie
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :16 Dec 2021 10:33