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Perrat, Alexandre. Étude et stratégies d'inhibition des Escherichia coli shigatoxinogènes

Perrat, Alexandre (2021). Étude et stratégies d'inhibition des Escherichia coli shigatoxinogènes.

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Résumé en francais

Les Escherichia coli Shigatoxinogènes (STEC) colonisent l'épithélium intestinal de leurs hôtes à l'aide de facteurs d'adhésion ou d'amélioration de fitness, et produisent des Shiga-toxines passant dans la circulation sanguine, provoquant des lésions dans divers organes, responsables de symptômes chez l'Homme (colite hémorragique, syndrome hémolytique et urémique) et le porc (maladie de l'œdème). Les STEC sont représentés par une diversité de clades, avec les séquences-types ST1, ST10 et ST42 incriminés chez le porc, et les séquence-types émergeants ST21 et ST29 incriminés chez l'Homme. Plusieurs autres espèces animales peuvent être porteuses de ces souches de STEC. Ainsi, les ruminants domestiques en élevage sont des porteurs asymptomatiques de STEC, et considérés comme le réservoir principal des souches impliquées dans les infections humaines, en entretenant une circulation et une contamination via l'alimentation (viande et produits laitiers) principalement. Les souches de STEC impliquées dans les infections chez le porc n'ont pas été associées à d'autres espèces. Cependant, une épidémie de maladie de l'œdème a été récemment observée pour la première fois chez le sanglier sauvage d'Europe en France dans des conditions naturelles, de manière inexpliquée. Une première partie de l'étude a permis de déterminer que les souches de STEC isolées de sanglier appartenaient au séquence-type ST1 impliqué chez le porc de par leur génome cœur, mais que ces souches possédaient en revanche un génome accessoire unique et différent de celui des souches porcines, qui pourrait permettre une meilleure adaptation et/ou une virulence accrue ayant conduit à leur émergence chez le sanglier. Une deuxième partie de l'étude a permis de démontrer que l'emploi de souches productrices des combinaisons de microcines H/M, H/I/M, ou J/V pouvait (I) inhiber la croissance de souches ST21 et ST29 en condition in vitro, et (II) inhiber la colonisation par ces mêmes souches en condition in vivo en modèle murin. Aucune résistance n'a pu être identifiée parmi les souches STEC après traitement dans ces deux conditions. De plus, une étude in silico de l'impact potentiel des microcines sur (I) les souches issues du colibiote bovin, et (II) les souches de STEC ST21 et ST29, a permis la mise en évidence d'une faible fréquence de résistance/immunité de ces souches vis-à-vis des combinaisons de gènes de microcines H/M, H/I/M, ou J/V.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Auvray, Frédéric
Brugère, Hubert
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Institut de recherche en santé digestive (IRSD), INSERM U1220
Mots-clés libres :Escherichia coli - STEC - Bactériocine - Microcine - Génomique
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :11 Feb 2022 17:14