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Brehin, Camille. Entéropathie du nouveau-né prématuré : approche clinique, métagénomique et métabolomique

Brehin, Camille (2019). Entéropathie du nouveau-né prématuré : approche clinique, métagénomique et métabolomique.

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Résumé en francais

L'Entérocolite Ulcéro-Nécrosante (ECUN) est la pathologie intestinale la plus grave chez les nouveau-nés prématurés. Aucun essai clinique ou étude de cohorte ne s'est intéressé uniquement au stade I de l'ECUN. Nous avons analysé des échantillons de selles prélevées chez des nourrissons de moins de 34 semaines d'âge gestationnel, dont 11 nourrissons qui ont développé une entéropathie (ECUN-I)) et 21 témoins appariés. Les communautés bactériennes des selles ont été profilées par séquençage du gène 16S de l'ARNr bactérien. Le métabolome fécal a été analysé par NMR. Au cours de la première décade de vie (J1 à 10), les échantillons de nourrissons entéropathes tendaient vers une diversité alpha plus faible que chez les témoins avec une différence significative dans la répartition des communautés bactériennes, mais pas au niveau des métabolites fécaux. Dans la deuxième décade (J11-J20), l'analyse du microbiome ne montre pas de différence entre entéropathes et témoins mais l'analyse métabolomique montre une diminution significative du taux de sérine dans le groupe des entéropathes. Entre J21 et J30, Bacillus, Staphylocococcus, Bacteroidetes et Streptococcus sont les groupes bactériens les plus abondants chez les entéropathes, alors que les genres Klebsiella et Raoultella sont plus abondants chez les témoins. Au-delà de 30 jours de vie, les témoins ont un microbiote plus riche en entérobactéries (Klebsiella et Enterobacter) que les entéropathes. Les divergences au niveau métabolomique sont plus importantes au cours du deuxième mois de vie. Les modifications structurelles et fonctionnelles du microbiote intestinal semblent plus reconnaissables à la troisième décade de la vie, comparativement aux enfants témoins. La fonctionnalité du microbiote intestinal est plus affectée par les facteurs maternels et infantiles alors que la structure du microbiote intestinal semble plus stable. Ces données pourraient fournir de nouvelles cibles microbiennes pour lutter contre la progression de l'ECUN dès le stade 1.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Serino, Matteo
Oswald, Éric
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Institut de recherche en santé digestive (IRSD), INSERM U1220
Mots-clés libres :Entérocolite - Prématurité - Microbiote intestinal - Métagénome - Métabolome fécal
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :29 Apr 2022 09:44