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Mancheno-Ferris, Alexandra. Caractérisation du facteur de transcription Shavenbaby par approches génomiques chez la drosophile

Mancheno-Ferris, Alexandra (2021). Caractérisation du facteur de transcription Shavenbaby par approches génomiques chez la drosophile.

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Résumé en francais

Les facteurs de transcription à doigt de zinc de la famille OvoL, au nombre de trois chez les mammifères (OvoL1, 2 et 3), sont des acteurs majeurs de la régulation épithéliale durant le développement des vertébrés. Chez l'adulte, ils participent à la fois à la différenciation terminale des cellules épithéliales et au maintien de ce caractère pour l'homéostasie tissulaire. Pour ce faire, les facteurs OvoL inhibent l'action des facteurs pro-EMT (Transition Epithélio-Mésenchymateuse) ZEB et TWIST qui eux poussent vers l'état mésenchymateux. Ainsi, lors de cancer humain, OvoL1 empêche la transformation des cellules tumorales épithéliales en cellules invasives mésenchymateuses métastatiques. De plus, des maladies héréditaires, dont des pathologies sévères des yeux et de la peau, ont été associées à la dérégulation des gènes OvoL. A ce jour et malgré des intérêts biomédicaux potentiels, les mécanismes moléculaires qui soutiennent l'action des facteurs OvoL et notamment leurs gènes cibles spécifiques restent mal compris. Il est possible que la redondance fonctionnelle des facteurs OvoL chez les vertébrés complique l'accès à leur fonction. Chez la Drosophile (Drosophila melanogaster) les facteurs OvoL, fortement conservés au sein du règne animal, sont seulement représentés par le gène ovo/shavenbaby (ovo/svb), membre fondateur de cette famille. Les deux formes germinales, OvoA et OvoB soutiennent l'ovogenèse alors que la forme somatique, Svb, contrôle le remodelage tridimensionnel des cellules épithéliales. Svb est également nécessaire pour le maintien, la prolifération, mais également la différenciation des cellules souches digestives adultes. Svb est synthétisée sous une forme longue, appelée SvbREP qui, sous l'action conjuguée des petits peptides Polished-rice (Pri) et de l'Ubiquitine-E3-ligase Ubr3, est clivée par le protéasome pour obtenir une forme plus courte, SvbACT, transcriptionellement active. Pour comprendre le mode d'action individuel de chacune des deux formes de Svb, nous avons développé un modèle cellulaire (S2) permettant l'expression de l'une ou l'autre des deux formes. Nous avons effectué des expériences de génomique pour déterminer de façon globale le comportement de SvbAct et SvbRep. Pour cela, nous avons analysé leur profil de fixation à l'ADN (ChIP-seq) d'une part, et identifié les gènes cibles (RNA-seq) pour chaque forme d'autre part. L'intégration de ces données a permis de mettre en évidence que SvbREP et ACT se fixent sur les mêmes régions génomiques cis-régulatrices (enhancers) pour contrôler de manière antagoniste l'expression d'environ 250 gènes cibles directs. Nous avons également montré que Svb régule des groupes de gènes différents en fonction du type cellulaire au sein duquel il évolue et mis en évidence que l'environnement chromatinien contraint son activité. Mes travaux ont non seulement permis de mieux appréhender le mode de fixation de facteurs OvoL sur le génome, mais apportent une nouvelle perspective sur la nature de leurs gènes cibles impliqués dans le contrôle du cycle cellulaire et/ou l'adhésion cellulaire.

Sous la direction du :
Directeur de thèse
Polesello, Cédric
Payre, François
Ecole doctorale:Biologie, santé, biotechnologies (BSB)
laboratoire/Unité de recherche :Unité de biologie Moléculaire, Cellulaire et du Développement (MCD-CBI), UMR 5077
Mots-clés libres :Génomique - Bio-informatique - Drosophile - ChIP-seq - RNA-seq - Intégration de données - Facteur de transcription - Shavenbaby - Histones
Sujets :Sciences du vivant
Déposé le :29 Apr 2022 16:08